РТС «Чкаловск», как и все районные тепловые станции Калининграда, работает на природном газе. Однако, согласно нормам энергетической безопасности, имеет в активе запас резервного топлива (мазута).
Испытания по переходу теплостанций на жидкое топливо проходят ежегодно. Они позволяют проверить резервные системы и убедиться, что в случае перебоев с газом, переход на мазут произойдёт максимально оперативно, и жизнедеятельность стратегических тепловых источников не будет нарушена. Возможное изменение цвета дыма связано с выходом на оптимальный режим горения топлива.