РТС «Балтийская» и РТС «Восточная», как и все районные тепловые станции Калининграда, работают на газе. Однако, согласно нормам энергетической безопасности, имеют в запасе резервное топливо (мазут).
Испытания по переходу теплостанций на жидкое топливо проходят ежегодно. Они позволяют проверить резервные системы и убедиться, что в случае перебоев с газом, переход на мазут произойдёт максимально оперативно, и жизнедеятельность стратегических тепловых источников не будет нарушена.